Το λιμάνι του Ηρακλείου χωρίζεται στο παλιό, ενετικό λιμάνι και στο νέο λιμάνι για επιβάτες και εμπορεύματα.
Το ενετικό λιμάνι του Ηρακλείου βρίσκεται στο τέλος της οδού 25ης Αυγούστου, του πεζόδρομου που ξεκινά από το κέντρο (Μεϊντάνι, Λιοντάρια) και καταλήγει στο φρούριο Κούλες. Πρόκειται για το παλιό λιμάνι του Ηρακλείου, που σήμερα φιλοξενεί καΐκια και κότερα, και η ιστορία του είναι τόσο παλιά όσο και της πόλης του Ηρακλείου.
Το νέο, σύγχρονο λιμάνι επιβατών και εμπορευμάτων ξεκινά ανατολικά από το παλιό.
Το ενετικό λιμάνι του Ηρακλείου
Στο ενετικό λιμάνι βρίσκεται το φρούριο Κούλες και από δω ξεκινά ο μακρύς λιμενοβραχίονας του νέου λιμανιού του Ηρακλείου. Ο λιμενοβραχίονας είναι αγαπημένος τόπος περιπάτου για τους Ηρακλειώτες, ειδικά τα ζεστά καλοκαιρινά βράδια, όταν η θαλασσινή αύρα προσφέρει ανακούφιση από τη ζέστη. Οι Ηρακλειώτες με χιούμορ αποκάλεσαν τον λιμενοβραχίονα "οδό Μπαϊπάς", γιατί πολλοί από αυτούς που περπατούν στον λιμενοβραχίονα είναι άνθρωποι που έχουν κάνει εγχείρηση καρδιάς (bypass) και με τον μακρύ περίπατο στο μόλο εξασφαλίζουν την απαραίτητη σωματική άσκηση που τους συστήνουν οι γιατροί τους.
Σε όλο το μήκος του λιμενοβραχίονα θα δείτε ερασιτέχνες ψαράδες που περιμένουν υπομονετικά τα τσιμπήματα των ψαριών, τόσο τη μέρα αλλά και τη νύχτα. Στη μέση του λιμενοβραχίονα λειτουργεί καντίνα με αναψυκτικά, παγωτά και πρόχειρο φαγητό.
Στο ενετικό λιμάνι επίσης υπάρχουν τα ενετικά νεώρια, οι χώροι δηλαδή όπου επισκευάζονταν τα πλοία των Ενετών.
Απέναντι από τον Κούλε, στο σημείο που δένουν τα κότερα, υπάρχει η καφετέρια Μαρίνα. Πίσω της είναι το Λιμεναρχείο Ηρακλείου και δίπλα σε αυτό υπάρχει εστιατόριο με θαλασσινά. Εδώ κάποτε βρίσκονταν ο Μικρός Κούλες, που μαζί με τον Κούλε που σώζεται μέχρι σήμερα, φύλασσαν την είσοδο του λιμανιού του Ηρακλείου.
Το νέο λιμάνι Ηρακλείου
Αλλα δύο εστιατόρια με θαλασσινά, υπάρχουν λίγο πιο πέρα στην περιοχή του νέου λιμανιού, εκεί απ' όπου αναχωρούν τα καραβάκια για την Σαντορίνη. Εδώ επίσης υπάρχει μεγάλο πάρκιγκ όπου μπορείτε να αφήσετε το αυτοκίνητο σας για να ανέβετε προς το κέντρο ή για να περπατήσετε στο λιμάνι.
Προχωρώντας ανατολικότερα στο νέο λιμάνι, υπάρχει ο επιβατικός σταθμός και οι προβλήτες για τα φέρρυ προς και από Πειραιά. Υπάρχουν καθημερινά δρομολόγια όπου τα πλοία αναχωρούν τη νύχτα και φτάνουν νωρίς το πρωί, ενώ το καλοκαίρι εκτελούνται και ημερήσια δρομολόγια.
Τα τελευταία χρόνια γίνεται ιδιαίτερη προσπάθεια ώστε το λιμάνι Ηρακλείου να προσφέρει σύγχρονες υπηρεσίες στους ταξιδιώτες. Σημαντική βελτίωση αποτελεί ο νέος επιβατικός σταθμός που κάνει την παραμονή των επιβατών ευχάριστη στις καινούριες εγκαταστάσεις με εμβαδόν 2.500 τ.μ.
Στον επιβατικό σταθμό του λιμανιού έχετε επίσης τη δυνατότητα να κάνετε το Check-in ή Check-out για την πτήση σας από το αεροδρόμιο Ηρακλείου.
Επίσης στον επιβατικό σταθμό μπορείτε να φυλάξετε τις αποσκευές σας προσωρινά ή να συνδεθείτε στο Ιντερνετ ασύρματα με το φορητό σας υπολογιστή.
Το νέο λιμάνι Ηρακλείου δέχεται 2 εκατομμύρια επιβάτες το χρόνο, τόσο από τα καθημερινά δρομολόγια από Πειραιά, τη Σαντορίνη και άλλα νησιά, αλλά και από κρουαζιερόπλοια που σταματούν στο Ηράκλειο για μια επίσκεψη στην Κνωσό και την πόλη του Ηρακλείου.